Un factor crítico para resaltar la calidad y el sabor a chocolate en los granos de cacao es la fermentación del cacao en baba, proceso que puede durar varios días y que debe hacerse bajo un estricto control. Después de cosechar las mazorcas de los árboles, se quiebran y se extraen los granos, los cuales vienen cubiertos de un mucilago de sabor dulce, al colocarlos en cajas bien tapadas, el aire no puede entrar, por lo que las levaduras comienzan a realizar una fermentación anaeróbica (sin aire), luego, hay que revolver los granos para permitir que las bacterias aérobicas puedan respirar y completar una segunda fase de fermentación.
Un grano fermentado es bien apreciado por compradores, más aún para países como Honduras y Nicaragua que quieren posicionarse en el mercado internacional con cacao fino de aroma. Debido a esto, VECO Mesoamérica y Fundación Progresso están apoyando una investigación sobre el uso y multiplicación de microorganismos eficientes de montaña para acelerar la fermentación y resaltar sabores frutales, para lo cual también se tiene el apoyo de la Universidad Centroamericana, Universidad Privada de San Pedro Sula y la Universidad Nacional de Agricultura; a través de tesistas, se elaborará un protocolo o metodología a través de un método científico. Otros actores clave en este proceso de innovación son la cooperativa La Campesina de Nicaragua y, en Honduras, las organizaciones COAGRICSAL y APROSACAO.